艦隊や戦隊にて司令官が乗艦し、指揮を行う司令部が設置された軍艦を旗艦と呼びます。
過去の海戦で、指揮官の軍艦に階級を示す指揮官の旗章を掲揚する事からこのような名が付けられました。
海戦では陸戦と違い、旗艦が常にその艦隊の先頭に出て戦闘指揮をするのが常となっており、多くの危険を伴います。通常、旗艦が沈没して戦闘不能になった場合、旗艦の同級もしくは次の級の軍艦が旗艦の役割を果たします。歴史的にはトラファルガー海戦でネルソン提督が乗っていた旗艦ビクトリーが有名で、今も記念艦として保存されています。










